Hop une différence assez notable: tinyMCE ne comprend pas de gestionnaire d'image... enfin si, mais il est payant, dans les 35 euros je crois.
FCKeditor a un gestionaire d'image intégré (et gratos

)
edit: Pour défendre tinyMCE, faut dire que le gestionnaire est tout de même nettement plus évolué: resize, crop etc d'images
moralité: ça dépend du besoin (je sens que je vais appeller mon client

)